一日三回飲んでください

どう しましたか — так врач начинает приём: «что вас беспокоит?». Это готовая фраза: しました — прошедшее от する, буквально «что вы сделали?». Пока выучите её целиком, подробно — на уровне A2.

のど が 痛くて、咳 が 出ます — «болит горло, и я кашляю». 痛くて — это 痛い с окончанием くて: так соединяют два описания (грамматика юнита). Болит то, что стоит с が. 咳 が 出ます — буквально «кашель выходит».

夜 から 寒くて — 寒い здесь не про погоду, а про самого человека: «меня знобит».

風邪 で、熱 も 少し 高い です ね — で после существительного соединяет два описания: «простуда, и температура тоже…». 熱 が 高い — «температура высокая».

薬 を 出します — 出す значит «доставать»; у врача — «выписать, выдать лекарство». 一日 三回 飲んで ください — «три раза в день», слова «в» не нужно. Лекарство по-японски «пьют» (飲む), даже таблетку.

ラーメン を 食べて も いい です か — просьба разрешить (юнит 15). 辛い ラーメン は だめ です よ — だめ значит «нельзя, не годится». 辛い — острый.

休んで、薬 を 飲んで、早く 寝て ください — три действия по порядку. 会社 を 休む — не пойти на работу, взять выходной.

お大事に — готовая фраза: говорят больному на прощание. Она от слова 大事 («важный»): «берегите себя».